De conformidad con el artículo 15 del Reglamento de la la Ley de Aguas Nacionales, el Consejo de Cuenca del río Balsas se integra de la siguiente manera:

Un presidente cuya designación recae en el Director General de la Comisión Nacional del Agua.

Los titulares de los gobiernos de los estados de Guerrero, Jalisco, México, Michoacán, Morelos, Oaxaca, Puebla y Tlaxcala, quienes participan como consejeros gubernamentales.

Un representante de los usuarios de las cuenca por cada uno de los siete usos identificados: uso acuícola, agrícola, uso industrial, uso pecuario, uso público urbano, uso en servicios, y uso en generación de energía eléctrica, quienes fungirán como vocales.

El presidente cuenta con voz y voto de calidad, los prepresentantes gubernamentales y vocales usuarios titulares cuentan con voz y voto.

Un secretario técnico, cuya designación recae en el Gerente Regional Balsas de la Comisión Nacional del Agua, quien cuenta con voz pero no con voto.

Como invitados con voz, pero sin derecho a voto están representadas también otras organizaciones de la sociedad, como universidades, institutos, organizaciones no gubernamentales, presidentes municipales, organismos y entidades diversas, tanto del sector público como privado.

El Consejo de Cuenca cuenta con órganos auxiliares (Reglas de Organización y Funcionamiento) para el óptimo cumplimiento de sus objetivos, donde destaca el Grupo de Seguimiento y Evaluación (GSE) a través del cual desarrolla sus propuestas y acciones previamente consensuadas entre sus integrantes. Este grupo está constituido por representantes gubernamentales y de las organizaciones de usuarios, estos últimos provenientes de los Comités Regionales y Estatales por uso integrados a la Asamblea de Representantes de los Usuarios en el Consejo de Cuenca.